醫學的發展有賴於優質的學術研究環境，本院擁有最精良的研究儀器設備與最具創新能力的研究群，長期默默投入基礎與臨床研究的工作領域，近年來在同仁的努力之下，已展現出許多優異的學術研究成果。

近四年投入創新研發成果優異發表在國際知名期刊。SCI、SSCI論文數量與品質逐年提升，本院專任人員發表總數由102年591篇，成長至105年760篇，論文數量增加的同時，論文品質亦明顯上升，102-104年第一作者或通訊作者之SCI、SSCI論文共1,983篇，IF>5或領域排名前10%共426篇，且論文平均IF值達3.20次，超越WOS資料庫顯示之全台灣平均水準(2.75次)。另外，本院設置之神經網際計算研究中心姚任之主任及醫研部楊家欣研究員入選湯森路透2015及2016年數學領域及農業科學領域之高被引學者( Highly Cited Researcher)，代表其著作在研究領域具有一定影響力。

本院近三年執行創新研發計畫，件數每年數量及經費均有正成長。在全國激烈競爭中，獲得衛生福利部第二期癌症研究計畫及提升臨床試驗創新及競爭力計畫，三年經費共超過1.8億元，是少數醫院同時獲得兩個計畫補助，且成績名列前茅，建構全國最佳轉譯醫學與臨床試驗平台。

過去台灣學術研究在只重「量」而不重「質」的制度裡，拼命努力發表許多論文，這對台灣初期學術界的發展自有其貢獻，但也產生粗製濫造的後遺症。因此，未來我們必須揚棄論文數量的迷失，要在質優的論文方面大力提昇，共同帶引台灣以追求學術之卓越。